Versuche zur Gründung einer Universität in Thorn wurden noch zu preußischen Zeiten unternommen. Nach der Wiedergewinnung der Unabhängigkeit Polens ist diese Idee wieder aufgegriffen worden. 1920 hat Karol Popiel, Vorsitzender der Nationalen Radikalen Partei Polens, die Gründung einer Universität mit dem Namen Nikolaus Kopernikus vorgeschlagen. 1934 wurde ein Komitee gegründet, welches den Entwurf und die Struktur der neuen Universität entwickeln sollte. Mit dem Ende der deutschen Besatzungszeit 1945 wurde die Angelegenheit zur Gründung der Universität Thorn fortgeführt. In Folge dessen wurden hier über 100 Professoren und Mitarbeiter der ehemaligen Stefan Batory Universität in Vilnius eingestellt.

Am 24.August hat der Nationalrat schließlich ein Dekret zur Gründung der Nikolaus-Kopernikus-Universität (NKU) herausgegeben. Der erste Rektor war Professor Kolankowski. Anfangs gab es 76 Lehrstühle mit rund 1 600 eingeschriebenen Studenten. Lag der Schwerpunkt anfangs Geisteswissenschaften gibt es heute mittlerweile 12 weitere Fakultäten an der Uni: Chemie, Sprachen, Physik, Astronomie und Angewandte Informatik, Mathematik und Informatik, Wirtschaftswissenschaften und Management, Biologie und Geowissenschaften, Geschichte, Recht und Verwaltung, Schöne Künste, Theologie sowie drei weitere Fakultäten am Collegium Medicum in Bydgoszcz (im Jahre 2004 haben beide Einrichtungen miteinander fusioniert).

Heutzutage ist die Nikolaus Kopernikus Universität in Thorn mit 35 000 Studierenden die größte Hochschule Nordpolens. Sowohl im Hinblick auf ihr wissenschaftliches Potential als auch auf die Anzahl der angebotenen Studiengänge gehört die Universität in Polen mit zu den bedeutendsten Institutionen ihrer Art. Dieses wird durch die hervorragende Bildung sowie durch die Zahl der jährlichen Studierenden und Absolventen unterstrichen. Durch die Vereinigung mit der L. Rydgier Medizinischen Akademie in Budgoszcz (Bromberg) hat sich die Universität seit 2004 stetig zu einer Multi-Profil-Hochschule entwickelt. In den letzten Presse-Rankings wurde die  NKU sogar mit zu den fünf besten Universitäten in Gesamt-Polen gezählt. Insgesamt werden dort 60 verschiedene Studiengänge angeboten. Außerdem kann man aus 50 verschiedenen Aufbaustudiengängen wählen. Seit Gründung der Universität wurden daher bereits über 100 000 Diplome im Bereich der Hochschulbildung verliehen.

Die NKU arbeitet mit zahlreichen Universitäten im Ausland zusammen. Insgesamt gibt es 45 bilaterale Programme mit über 200 Partnerhochschulen in West-und Osteuropa sowie in den USA. Desweiteren beteiligt sich die Uni an der Realisierung von internationalen Forschungsprojekten. Jedes Jahr finden zusammen mit Wissenschaftlern aus Polen und dem Ausland über 60 Konferenzen, Symposien und Seminare statt, wodurch die Stadt Thorn zusätzlich Ihren Charakter als Kongresszentrum unterstreichen kann. Unter anderem werden diese Aktivitäten durch das Internationale Büro der Nikolaus Kopernikus Universität koordiniert.