Попытки основания университета в Торуне предпринимались еще во времена нахождения города в составе Пруссии. После обретения Польшей независимости стала возрождаться и идея создания университета. В 1920 году Кароль Попель, председатель Национальной рабочей партии, предложил создать университет имени Николая Коперника. В 1934 году был создан комитет, которому было поручена разработка проекта и структуры будущего университета. После освобождения территории Польши от немецко-фашистких захватчиков в 1945 году идея создания университета стала снова актуальной. В результате свою работу в новом университете начали около 100 профессоров и преподавателей, прежде работавших в Университете Стефана Батория в Вильнюсе.

24 августа был наконец издан официальный указ о создании Университета Николая Коперника. Первым ректором университета стал профессор Коланковский. В самом начале университет насчитывал 76 кафедр и 1600 студентов. И если сразу после основания основной профиль университета составляли гуманитарные дисциплины, то сегодня существует 12 факультетов различных направлений, таких как химия, иностранные языки, физика, астрономия, прикладная информатика, экономика и менеджмент, биология, география, право и управление, искусствоведение, теология, а также три факультета в университетской Медицинской Коллегии, расположенной в отделении университета в Быдгоще (в 2004 году оба учреждения были объеденены).

На сегодняшний день Университет Николая Коперника в Торуне насчитывает 35 000 студентов и является таким образом самым большим университетом Северной Польши. Как по своему научному потенциалу, так и по числу предлагаемых специальностей этот университет является важнейшим среди подобных учреждений. Это подтверждается и отличным качеством образования, и количеством обучающихся в университете. Слияние университета с университетской Медицинской Коллегией им. Людвика Рыдыгьера в Быдгоще (Бромберге) в 2004 году превратило университет в многопрофильное учебное заведение. Согласно последним рейтингам университет находится на пятом месте среди университетов Польши. В общей сложности в университете можно обучаться 60 специальностям. Кроме того, существует возможность выбрать одну из 50 дополнительных специальностей (к уже имеющейся). Со времени создания университета было выдано около 100 000 дипломов о высшем образовании.

Университет Николая Коперника сотруничает со многими иностранными университетами. В общей сложности существуют 45 двусторонних программ по сотрудничеству с 200 университетами Восточной и Западной Европы, а также США. Кроме того, университет участвует в реализации различных международных исследовательских проектов. Ежегодно здесь проходят около 60 конференций, симпозиумов и семинаров с польскими и иностранными участниками, что подчеркивает статус города как важного центра научных конференций. Одним из координторов таких встреч явяляется бюро по международным связям Университета Николая Коперника.