Rosyjski Uniwersytet Kanta został założony w 1948 roku jako Kaliningradzki Państwowy Instytut Pedagogiczny.

Na początku zostały utworzone trzy wydziały: historyczny, literatury i fizyczno-matematyczny. Później doszło do połączenia wydziału historycznego i literatury, z którego powstał wydział historyczno-filozoficzny. W tym samym czasie powstały nowe wydziały, takie jak pedagogiczny, metodyki kształcenia początkowego i przyrodniczy. Nazwiska pierwszych studentów, którzy ukończyli uniwersytet z wyróżnieniem, zostały wygrawerowane złotymi literami w reprezentacyjnym hallu uniwersytetu. Wśród nazwisk studentów uniwersytetu jest umieszczone nazwisko S. W. Daniel-Beka, przyszłego głównego redaktora kaliningradzkiego wydawnictwa książkowego.

Kaliningradzki Państwowy Instytut Pedagogiczny został w 1966 roku przekształcony w Kaliningradzki Państwowy Uniwersytet. Od tego czasu można było uczęszczać na wydziały: fizyczno-matematyczny, przyrodniczy, historyczno-filozoficzny jak i ekonomiczno-prawny. Pierwszym rektorem uniwersytetu został Nikolaus Wasilewitsch Prokladow. W 1971 roku z wydziału przyrodniczego powstał wydział geograficzny i chemiczno-biologiczny.

Uniwersytet został przemianowany w związku z wejściem w życie prawa federacji rosyjskiej na Rosyjski Państwowy Uniwersytet im. Immanuela Kanta, w skrócie (RGU).

Uniwersytet dziś

W dzisiejszych czasach RGU ( także nazywana Kantianą) uchodzi za największe centrum kształcenia obwodu kaliningradzkiego.

Na uniwersytecie jest oferowanych ponad 200 programów, które poświęcone są kształceniu i dokształcaniu się, a przyszli specjaliści mają możliwość zapisania się na nie właśnie na uczelni. Aktualnie immatrykulowanych jest około 13 tys. studentów, w tym też doktoranci i słuchacze. Ponad 50 programów partnerskich z uniwersytetami z 16 krajów na świecie umożliwia członkom Kantiany branie udziału w w najnowszym międzynarodowym rozwoju w dziedzinie nauki i badań.

RGU jest członkiem amerykańskich i europejskich demokratycznych związków uczelnianych, europejskiego towarzystwa uniwersyteckiego jak i regionalnej sieci szkół wyższych nad Morzem Bałtyckim.

Z inicjatywy Rady Państw Morza Bałtyckiego jak i poparcia ministerstwa Spraw Zagranicznych oraz Ministerstwa Edukacji Federacji Rosyjskiej zostanie tam zrealizowany jedyny w swoim rodzaju projekt:„Wydział Europy“. Ten wydział będzie kształcić specjalistów w dziedzinie europejskiej gospodarki i prawa europejskiego.

19 października 2010 roku odbyło się ponowne przemianowanie Uniwersytetu na Bałtycki Federalny Uniwersytet im. Immanuela Kanta w Kaliningradzie.