Próby utworzenia Uniwersytetu w Toruniu zostały podjęte jeszcze podczas panowania pruskiego. Ten pomysł powrócił po odzyskaniu niepodległości przez Polskę. Karol Popiel, prezes Narodowej Partii Robotniczej, zaproponował utworzenie Uniwersytetu imienia Mikołaja Kopernika. Następnie w roku 1934 została powołana komisja, która miała zająć się i rozwinąć koncepcję oraz strukturę nowej uczelni. Z końcem okupacji niemieckiej nadarzyła się okazja powołania uniwersytetu. Dzięki temu zatrudnienie znalazło ponad 100 profesorów i pracowników ze zlikwidowanego Uniwersytetu im. Stefana Batorego w Wilnie.

24 sierpnia Krajowa Rada Narodowa wydała dekret o utworzeniu Uniwersytetu Mikołaja Kopernika w Toruniu. Pierwszym rektorem został prof. Kolankowski. Na początku działalności uniwersytetu funkcjonowało 76 katedr i zostało immatrykulowanych około 1600 studentów. Na początku działalności Uniwersytet specjalizował się w naukach humanistycznych. Obecnie poszerzył swoją działalność o 12 wydziałów takich jak: chemia, języki obce, fizyka, astronomia i informatyka stosowana, matematyka i informatyka, nauki ekonomiczne i zarządzanie, biologia i  geologia, historia, prawo i administracja, sztuk pięknych, teologia oraz 3 dalsze wydziały prowadzone w Collegium Medicum w Bydgoszczy (w 2004 roku te dwie uczelnie połączyły się).

Uniwersytet Mikołaja Kopernika w Toruniu z liczbą 35 tys. studentów stanowi obecnie największą uczelnię wyższą północnej Polski, która należy do jednych z najbardziej znaczących instytucji zarówno pod względem potencjału gospodarczego jak i oferowanej liczby kierunków studiów. Ten fakt zostaje podkreślony przez doskonałe kształcenie jak i liczbę corocznych studentów i absolwentów.

Od 2004 roku Uniwersytet stale się rozwija, a dzięki połączeniu z Akademią Medyczną im. Ludwika Rydygiera w Bydgoszczy  stał się szkołą wyższą o profilu kompleksowym.

Uniwersytet został zaliczony do 5 najlepszych szkół wyższych w Polsce w ostatnim rankingu uczelni, który ukazał się w prasie. Proponowanych jest w sumie 60 różnych kierunków studiów, a  studia podyplomowe można wybrać spośród 50 oferowanych specjalizacji. Od momentu utworzenia uniwersytetu zostało wydanych ponad 100 tys. dyplomów ukończenia studiów wyższych.

Uniwersytet Mikołaja Kopernika w Toruniu współpracuje z wieloma uniwersytetami zagranicznymi i posiada w sumie 45 programów dwustronnych z ponad 200 wyższymi szkołami partnerskimi z zachodniej i wschodniej Europy jak i Stanów Zjednoczonych. Ponadto Uniwersytet uczestniczy w realizacji międzynarodowych projektów badawczych. Każdego roku obywa się ponad 60 konferencji, sympozjów i seminariów z naukowcami z Polski i zagranicy, przez co Toruń podkreśla swój charakter miasta jako centrum kongresowego. Tą działalność koordynuje między innymi biuro zagraniczne Uniwersytetu.