I CEE Tax ma na celu połączenie kompetencji Uniwersytetu Europejskiego Viadrina oraz jego partnerów w dziedzinie transgranicznego opodatkowania przedsiębiorstw, tak aby stali się oni bardziej widoczni w świecie nauki, polityki oraz praktyki doradczej.

Począwszy od dobrze znanej i renomowanej, szczególnie w Polsce i innych krajach wschodnioeuropejskich,  specjalizacji podatkowej na Uniwersytecie Europejskim Viadrina, Instytut będzie, oprócz swoich ogólnych działań badawczych, prowadził ograniczone czasowo badania (np. 3-letnie) w zakresie interdyscyplinarnym, który ma szczególne znaczenie dla regionu oraz zawiera aspekty podatkowe. Wspólne zarządzanie Instytutem przez dwóch profesorów katedr podatkowych oraz kierownika Centrum Interdyscyplinarnych Studiów o Polsce (ZIP) ma zapewnić interdyscyplinarność oraz praktyczne odniesienie badań do krajów Europy Środkowo-Wschodniej.